Thomas P. Ashford y Keith R. Porter observan mediante microscopía electrónica, en hepatocitos de rata perfundidos con glucagón, componentes citoplasmáticos —mitocondrias y restos de ellas— en el interior de los lisosomas: la primera evidencia visual directa de un proceso de degradación de orgánulos propios de la célula. En el mismo año, de forma independiente, Alex B. Novikoff y Edward Essner observan vacuolas similares conteniendo mitocondrias en hepatocitos de ratón tratados con el detergente Triton WR-1339, denominándolas 'citolisomas'. Ambos hallazgos, presentados en el Ciba Foundation Symposium on Lysosomes de 1963, llevarían a Christian de Duve a proponer el término unificado 'vacuola autofágica' para estas estructuras y 'autofagia' para el proceso. Durante las dos décadas siguientes, el estudio quedó estancado: al trabajar únicamente con células de mamífero, el proceso parecía aleatorio y caótico, y era imposible identificar qué proteínas lo impulsaban.